Основными задачами камчатского дивизиона являлись изучение и освоение побережья в зоне ответственности, разведка, операции по отработке высадки разведывательно-диверсионных групп.

В 1942 г. по решению Государственного комитета обороны СССР четыре субмарины владивостокской базы и две подводные лодки камчатского соединения – Л-15 и Л-16 – совершили переход по маршруту Авачинская бухта – Датч-Харбор – Сан-Франциско – Панамский канал – Атлантика – Полярное (Кольский полуостров) и влились в состав Северного флота. Во время перехода в 820 милях западнее Сан-Франциско Л-16 была атакована субмариной противника и затонула. Л-15 благополучно прибыла на Северный флот. В годы войны экипаж лодки потопила 4 немецких корабля, участвовал в постановке минных заграждений.

В августе 1945 г. подводные лодки 41-го отдельного дивизиона обеспечивали прикрытие десанта советских войск на острова Курильской гряды.

В послевоенные годы дивизион вырастает до размеров дивизии, неоднократно меняет название, а входящие в его состав подводные лодки совершают все более дальние походы, охватывая своим присутствием несколько океанов.

С 27 октября 1959 г. по 24 марта 1960 г. подводные лодки проекта 611 Б-88 и Б-90 в обеспечении теплохода «Михаил Калинин» и танкера «Вилюйск» под общим командованием капитана первого ранга Б.А. Вешторта совершили межфлотский переход (по программе «Прилив») с Северного флота южным путем через Атлантический, Индийский и Тихий океаны вокруг Африки и Австралии. За 150 суток отряд прошел более 23 тысяч миль. Это был первый в истории Военно-морского флота трансокеанский межфлотский переход подводных лодок вокруг Австралии.

18 июня 1963 г. из Приморья в бухту Крашенинникова на Камчатку к постоянному месту базирования в состав 45-й дивизии прибыла первая атомная подводная лодка К-122 проекта 659.

Атомные субмарины начинают регулярно выполнять трансарктические подводные переходы, совершать трансокеанские плавания длиной в десятки тысяч миль и продолжительностью более сотни дней.

22 февраля 1968 г., в год 50-летия Советской Армии и Военно-морского флота, за большой вклад в дело укрепления оборонной мощи советского государства, за успехи в боевой и политической подготовке, освоение новой техники 15-я эскадра подводных лодок ТОФ награждена орденом Красного Знамени.

В 70-е и 80-е годы ХХ века регулярно обновляется состав кораблей соединения, увеличивается дальность и продолжительность походов, проводятся все новые испытания боевых возможностей субмарин.

В октябре 1975 г. второй экипаж РПКСН К-258 под командованием капитана 1-го ранга Г. Марчука, совмещая государственные испытания с контрольно-серийными испытаниями ракетного оружия, выполнил ракетную стрельбу с фактическим пуском шести баллистических ракет, за которую была поставлена отличная оценка. Залповые стрельбы на флоте проводились впервые и получили высокую оценку государственной комиссии.

В 1989 г. в состав флотилии входило пять дивизий, 42 единицы корабельного состава. Это был период расцвета боевой мощи объединения.

После распада Советского Союза 26 июля 1992 г. на кораблях флотилии торжественно спущен Военно-морской флаг СССР и поднят Андреевский флаг.

Несмотря на тяжелую экономическую ситуацию в стране, отразившуюся и на Вооруженных Силах, подводные лодки продолжали выполнение задач командования и освоение новых способов ведения огня и применения субмарин в мирных целях. В 1993 г. подводная лодка под командованием капитана 1-го ранга С. Игишева благодаря высокому профессионализму экипажа впервые осуществила стрельбу крылатыми ракетами по береговым целям.

Экипаж К-434 (проект 667АУ, командир капитан 1-го ранга В.И. Прохоров) принял участие в проведении уникального научного эксперимента. В головной части ракеты, которая была выведена на орбиту, находился технологический модуль для выработки интерферона – ценного сырья для производства лекарственных препаратов.

1 сентября 1998 г. управление 2-й Краснознаменной флотилии атомных подводных лодок переформировано в управление 16-й Краснознаменной оперативной эскадры, а 1 июня 2003 г. – в 16-ю Краснознаменную эскадру подводных лодок. Это название сохраняется по сей день.

Сегодня эскадра готовится к приему трех новых подводных лодок проекта 955 «Борей», для которых уже сформированы экипажи. Один из них находится на головной лодке проекта «Юрии Долгоруком», которая проходит испытания в Белом море. Все экипажи полностью укомплектованы контрактным составом, военнослужащих по призыву на субмаринах нет.

После визита на эскадру в 2004 г. президента России Владимира Путина начато кардинальное обустройство социальной инфраструктуры военного городка. Построено 12 новых благоустроенных жилых домов, два детских сада, школа, дом офицеров, аквапарк с развлекательным центром, ледовый дворец. Весь личный состав обеспечен служебным жильем.